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Per curare l'alternariosi occorre innanzitutto liberarsi del fungo, e per faro esistono in commercio diversi fungicidi e antiparassitari, in genere a base di rame, disponibili presso florovivaisti e negozi di articoli per la cura del giardino. Le piante più compromesse vanno invece sradicate ed eliminate, per evitare che le spore dell'alternaria si diffondano verso le colture vicine o nel terreno. L'alternariosi può colpire anche i semi, per cui per evitare infestazioni nella stagione successiva è bene controllare le sementi prima di piantarle, e sostituirle in caso di dubbio. Mai ricavare la semenza da una pianta malata, perché il rischio di trasmettere anche le spore del fungo è molto elevato. Per prevenire le infestazioni di funghi parassiti è essenziale evitare i ristagni di acqua nel terreno, lavorandolo adeguatamente prima della semina.
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